לטיפול בגלי הלם יכולות להיות תופעות לוואי מסוימות. טיפול בגלי הלם משתמש בדרך כלל בגלי אוויר חזקים כדי להשיג השפעות טיפוליות. במהלך הטיפול, זה עלול להוביל לנזק לכליות, אבנים משניות בשופכה ולהרחבת השופכה. חלק מהחולים עלולים לחוות גם אדמומיות רקמות מקומיות, דימום תת עורי, חבורות, כאב ותסמינים אחרים. אבל הרוב המכריע של המקרים חולפים וישתפרו בהדרגה לאחר 1-2 ימי טיפול. מומלץ למטופלים לא לדאוג יתר על המידה, למלא אחר הסדרי הרופא, לקבל טיפול בזמן ולשלוט במצבם.